La chiesa del convento dei cappuccini risale al 1596 come attesta un documento storico, il Lexicon Capuccinum, risalente al 1650. Da questo cartaceo risulta che la chiesa fu eretta con l’annesso convento in un luogo lontano dal centro abitato di Cisternino sulla via per Ceglie Messapico. D’altronde era pratica comune per i frati cappuccini trovare una sede in un luogo aperto, lontano dalla vita movimentata del borgo. Se allora il convento era in aperta campagna oggi è quasi centro. Infatti il paesaggio è cambiato completamente e la notevole estensione urbanistica, a partire dalla II metà del Novecento, ha finito per inglobare la struttura religiosa. Per giunta il convento in seguito alla soppressione dei beni ecclesiastici ha cambiato anche destinazione di uso. Difatti, dopo il 1860, la struttura da convento è stata trasformata in ospedale. Oltremodo la stessa chiesa è stata inglobata nelle costruzioni successive al punto tale che a stento si riconosce la facciata e l’ingresso. Il prospetto resta molto anonimo e non presenta nessuna decorazione. Il portale in pietra è sottolineato in alto da un’edicola lunetata. L’unica connotazione religiosa è la vetrata superiore che raffigura sant’Antonio recante in braccio il Bambinello e con alle spalle l’immagine di un trullo.
La chiesetta all’interno ha subito diversi stravolgimenti. E’ ad una sola navata centrale, affiancata da una sola navata laterale sulla destra. Purtroppo ha conservato pochissime testimonianze artistiche del passato, come, ad esempio gli affreschi nel piccolo coro raffiguranti degli angeli, databili nel ‘600 e attribuibili a maestranze di ambito locale. Prima che il convento divenisse ospedale possedeva un’importante biblioteca con testi sacri del XVII e del XVIII secolo di cui solo alcuni sono custoditi in un locale adiacente alla chiesa madre.
