Da allora iniziava la secolare dominazione dei vescovi di Monopoli che si fregiarono anche del titolo di Baroni di Cisternino. Una sovranità sancita a tutti gli effetti dal palazzo del vescovo, costruito a ridosso della Torre grande, con il quale un tempo era anche comunicante.
Il palazzo fu costruito nel 1560 dal vescovo del periodo, F. O. Preconio. Un segno fortemente impresso sulla pietra come evidenzia lo stemma, anche se in realtà è molto deteriorato, collocato sulla chiave di volta dell’arcata di ingresso. Ma il segno più evidente è l’iscrizione epigrafica sulla trabeazione, che riporta testualmente la seguente frase: <TUTELE VASSALORUM ECLESSIE F. OCTAVIANUS DE PRECONE A MESSAMA OR. M. C. EPS. MONOPOL. UTILIS BARO CISTERNINI 1560>.
Il palazzo fu ampliato dal suo successore, il vescovo A. Porzio, nel 1583. Anche in questo caso un’iscrizione lapidaria, collocata sulla finestra laterale in alto e relativo stemma familiare, ci ricordano l’evento. L’iscrizione dice quanto segue: <HAS AEDES CURAVIT ET R. VS. DNS ANTONIUS PORTIUS MONOPOLIS ANTISTES ET UTILIS DNS ET BARO CISTERNINI ANNO DNI 1583>. Un altro segno del passato si trova sulla facciata laterale del palazzo, però in questo caso si tratta di uno stemma non identificabile. Nonostante i vari ritocchi il palazzo è rimasto sostanzialmente incompleto, infatti il piano superiore, corrispondente attualmente al terrazzo, era destinato ad ospitare un'altra sala, infatti qui si distinguono chiaramente le imposte del focolare, della trabeazione della porta interna sormontata da uno stemma.
La facciata del palazzo è inquadrata in una cornice architettonica di carattere squisitamente rinascimentale. Lateralmente le due semicolonne rotondeggianti montanti su un plinto elevato sorreggono la trabeazione e il frontone. Gli unici elementi decorativi sono le due rosette laterali. In realtà ci sono altri due elementi che incuriosiscono, appena visibili;sulla colonna di sinistra si riesce ad intravedere l’incisione di un cavaliere, mentre sulla colonna di destra si percepisce un disegno, appena solcato, di un cavallo. Chissà quale segreto celano.
