La chiesetta del Purgatorio si colloca sotto la Chiesa Madre di San Nicola; oggi impropriamente detta cripta di San Nicola. Ma in realtà non cela nessuna antica reliqua. La chiesetta ha antiche origini, secondo molti storici fu in origine luogo di culto dei monaci basiliani. Infatti, si tramanda che i monaci basiliani quando giunsero a Cisternino prima del Mille si fermarono in un primo momento nel sito dove attualmente sorge il santuario della Madonna d’Ibernia per poi trasferirsi al centro del casale nascente di Cisternino. Qui sorse la loro chiesetta che poi sarebbe stata inglobata dall’attuale chiesa romanica intitolata a san Nicola, diventando in seguito alla costruzione di una scala interna una cripta. In realtà questa chiesetta fin dal XVII secolo era sede del cosiddetto Monte del Purgatorio, un’istituzione votata principalmente al suffragio. Solo più tardi,nel 1769, nacque in questa sede la confraternita del Purgatorio, intitolata la Confraternita del Crocifisso e dell’Addolorata, ma detta anche confraternita della Pietà.
La chiesa del Purgatorio all’interno è un autentico gioiello rococò dell’arte religiosa locale. Infatti l’altare maggiore in pietra, che si staglia su un lato, è realizzato con pietra locale chiara tinteggiata di rosso pompeiano. Un contrasto che mette in risalto la grande decorazione litica di girali e foglie di acanto che avvolge le due colonne tortili. Al centro dell’altare, nella nicchia, appare una enorme conchiglia, decorazione frequente nell’architettura dell’epoca, che sovrasta un antico crocifisso. Sulle pareti laterali dell’aula rettangolare ci sono degli ovoidali, tempere del XIX secolo, raffiguranti le anime del purgatorio e santi.
In questa chiesa si conservano diverse statue in cartapesta e la tela delle Anime Purganti, firmata dal pittore martinese Giuseppe di Giuseppe nel 1874. Lo stesso pittore che ha operato all’interno della chiesa Nuova.
